Пример создания всплывающего окна, в котором будет отображаться видео с youtube, используя встроенный API битрикса
В шапку шаблона добавляем ( можно в другое место, но перед вызовом окна)
<?CUtil::InitJSCore(array('window'));?>
Создаем скрипт, выводящий наше окно
<script type="text/javascript"> 
var Dialog = new BX.CDialog({ 
title: "Видео с ютуб", 
content: '<iframe width="560" height="315" src="http://www.youtube.com/embed/qF4-3mIRQ88?rel=0" frameborder="0" allowfullscreen></iframe>', 
icon: 'head-block', 
resizable: false, 
draggable: false, 
height: '315', 
width: '570', 
buttons: [BX.CDialog.btnClose] 
}); 
</script>
В нужно месте вызываем наше окно, например по клику на ссылку
<a href="#" onclick="Dialog.Show();" >Видео</a>